· 2000年1月31日，座落在定海环城南路453号的舟山博物馆对社会开放。
  · 2001年1月我馆新开设的馆藏文物展对外开放。
  · 2001年2月21日，邀请原西北地质局地质专业工程师诸葛胜状先生为我馆新石器进行石质鉴定。
  · 2001年6月1日，我馆完成了科技厅的布展工作，并对外开放。
  · 2001年9月10日，北大、浙江省考古所及日本金泽大学等有关专家对我馆收藏的新石器时代具有良渚文化特征的石器进行调研。
  · 2001年9月20日，在定海岑港镇外回峰寺扩建殿宇清基时发现元•智者大师石刻头像及汉代板瓦、唐代简瓦、晋代水盂、宋、元、清等瓷片。
  · 2001年9月，我馆征集到定海册子乡渔民贺伟元在鱼塘海域溜网作业时随网带起的动物化石。为搞清化石的种属，9月29日邀请了中国科学院古脊椎动物与古人类研究所祁国琴、中国社会科学考古研究所韩康信和台湾自然科学博物馆何传坤三位研究员来馆鉴定，经他们认真观察一致认为该批化石是晚更新世的古菱齿象、德氏水牛、斑鹿、达维四不像鹿等动物，其中多种鹿角化石上有古人类加工痕迹。从这批化石组合来看与台湾海峡澎湖海沟和福建东山附件海域发现的动物组合大体相同。同日下午在浙江海洋学院举办的“舟山古脊椎动物研究学术报告会”。
  · 2004年4月我馆17件馆藏文物资料送省文物局参加《浙江省文化长廊》多媒体网站。
  · 2002年8月完成了我市与日本气仙沼市和美国里士满市的布展任务。
  · 2002年8月28日，接待日本气仙沼市的友好访问团。
  · 2002年11月17日，接待了美国里士满市友好访问团。
  · 2002年11月，为确定化石的正确年代，把古菱齿象臼齿送到北京大学第四纪年代实验室进行质谱碳14年代测定，测出古菱齿象臼齿为21900±260年。
  · 2003年4月18日，我馆关于《舟山群岛的形成和人类起源》课题被市社科联列入2003年度重点研究课题。
  · 2003年6月9日，召开首次特邀研究员会议。
  · 2003年夏，发现一件我国罕见的木化石。
  · 2003年11月，将这件罕见的木化石送至北京大学第四纪年代实验室进行（AMS）碳14年代测定，测得木化石年代为大于4万年前。
  · 2004年农历正月初一，实行全年向社会免费开放。
  · 2004年6月1日，我馆第一期内部刊物《舟山博物天地》编辑出版。
  · 2004年9月11日，我馆与舟山晚报、市书法家协会、市钱币协会联合举办的第一次为民鉴定活动在我馆举行，共鉴定各类器物1000余件。
  · 2004年9月22日，我馆编撰的《舟山历史名人谱》一书由中国文史出版发行，并上架发售。
  · 2004年12月上旬，组织召开了舟山博物馆特邀研究员第一次年会暨“海洋文化与博物馆发展学术研讨会”。
  · 2005年5月14日，为庆祝世界博物馆日，由舟山博物馆、普陀博物馆、舟山钱币协会、舟山书画家协会四家单位联合在普陀博物馆举办第二次为民鉴宝活动，为市民鉴定各类瓷器、玉器、钱币、字画等1600余件。
  · 2005年5月23日—30日根据市委宣传部要求，我馆与城东小学、定海区昌国街道办事处、定海海滨小学、沈家门第一初级中学等单位建立了爱国主义教育基地共建单位。
  · 2005年9月1日，我馆编撰的《舟山海底哺乳动物化石与古人类生存环境》一书，由中国文史出版社出版发行。
  · 2005年12月，我馆组织召开舟山博物馆特邀研究员第二届年会暨临城新馆陈列构思畅谈会。
  · 2006年4月7日，我馆征集到定海盐仓海富村建筑工地出土的唐、宋时期四系陶罐、青瓷高足杯、茶盅等。并赴出土现场进行了调查考证。
  · 2006年5月18日—20日，为迎接5·18国际博物馆日，全国科技（科普）活动周，我馆与普陀博物馆、市收藏家协会（筹），在普陀沈家门、展茅等地进行宣传和为民鉴宝活动。
  · 2006年6月，我馆完成“纪念中国共产党建党八十五周年暨红军长征胜利七十周年图片展”和“舟山革命历史文物展”布展工作。并邀请三位离休老干部赴学校进行“爱国主义教育”讲座